Ce mois de Janvier 2022, nous vous proposons un focus sur un sujet de santé public majeur, le nombre de décès dû aux infections nosocomiales dans les hôpitaux et la solution corrective mise en œuvre par EOLIA.
🔴 Un état des lieux alarmant
D’après une étude de l’Institut national de veille sanitaire (InVS), les établissements de santé de l’Hexagone dénombreraient chaque année quelque 750 000 infections nosocomiales. Le ministère de la Santé estime que les infections nosocomiales sont responsables de 4 000 décès chaque année en France.
🔺 Quelques définitions
Les infections nosocomiales sont des infections contractées dans un établissement de santé tel qu’un hôpital ou une clinique.
Santé Publique France estime qu’environ un patient hospitalisé sur 20 y a été confronté dans l’hexagone en 2017.
Selon une étude menée par l’Inserm, le délai minimal entre une hospitalisation et la survenue d’une infection nosocomiale est de 48 heures¹.
🔺 Nombre et typologies de décès suite à une infection nosocomiale
- En France, on estime que le risque d’infection nosocomiale intervient dans 6 à 7 % des hospitalisations.
- C’est le troisième risque le plus élevé derrière ceux qui font suite à une intervention chirurgicale (37,5 %), et ceux des accidents médicamenteux (27,5 %).
- Certaines personnes sont plus sensibles que d’autres. C’est le cas des nouveau-nés, des prématurés et des personnes âgées, et plus largement des patients, dont le système immunitaire est plus fragile.
- Les infections nosocomiales représentent 22 % des évènements graves liés aux soins.
🔺 Prévenir les infections nosocomiales : une exigence de qualité des soins hospitaliers
Malgré leur rareté, les infections nosocomiales constituent un véritable défi sanitaire, car elles contraignent l’infrastructure et l’équipement de l’ensemble des structures de soin avec le risque de mettre à l’arrêt les services de soin.
🔺Une obligation de surveillance pour les établissements de santé
Le décret du 6 mai 1988 relatif à l’organisation de la surveillance et de la prévention des infections nosocomiales dans les établissements de santé publics ou participant au service public rend obligatoire la mise en place des comités de lutte contre les infections nosocomiales CLIN).
🔺 Focus les contaminations dues à l’Aspergillus dans le champ des maladies nosocomiales en période de Covid-19
Selon l’Institut Pasteur, l’Aspergillose est un terme qui regroupe les infections causées par des champignons appartenant au genre Aspergillus, dont les spores sont véhiculées par l’air et sont inhalées par tous les individus. Totalement inoffensif pour la majorité de la population, ces champignons peuvent cependant provoquer différentes formes de mycoses².
«Nous en avons tous dans notre environnement sans que cela nous rende malades, mais chez les personnes immuno-déprimées, comme celles que l'on trouve en réanimation ou dans les services de cancérologie, il peut provoquer une infection très sévère et mortelle dans 45% des cas»
explique Bruno Coignard, médecin épidémiologiste à l’Institut de Veille Sanitaire³.
Selon une étude américaine, 13,5 % des patients atteints de Covid, ventilés en réanimation, ont développé une aspergillose. Et la moitié des patients touchés à la fois par le SARS-CoV-2 et l’infection fongique sont décédés, alors que le taux de mortalité des patients atteints d’un Covid grave seul est estimé en moyenne à 30 %⁴.
🔵 La solution EOLIA, détection d’Aspergillus : des résultats en 6h grâce à la "méthode PCR"
Dans le contexte de la crise sanitaire liée à l’épidémie de la COVID-19, les équipes du groupe EOLIA spécialisées dans la gestion de la qualité de l’air depuis plus de 12 ans ont développé des techniques de prélèvement avec pour objectif le dépistage virologique des zones :
- Recherche de covid-19 dans l’air à l’aide d’un Coriolis Micro2.
- Recherche de covid-19 sur les surfaces à l’aide des écouvillons contenant une solution de conservation.
Les prélèvements sont effectués dans le cadre de la technique d’amplification en chaîne par polymérase dite PCR.3 Cette technique permet de mettre en évidence et de quantifier l’ensemble des microorganismes : moisissures, levures de vinification, levures de contamination, bactéries lactiques ou bactéries acétiques et présente l’avantage d’obtenir en 6 heures.
🔹 L’offre EOLIA : un mode opératoire inédit au service de l’urgence dans la recherche de l’Aspergillus
A partir de ce mode opératoire innovant, le groupe EOLIA a mis en place une méthode de recherche similaire dans le cadre de la recherche de moisissures et d’Aspergillus.
Cette méthode s’adapte parfaitement à des contextes d’urgence.
Dans le cas d’une contamination détectée dans un service hospitalier nécessitant de trouver rapidement des solutions afin de procéder à des décontaminations en urgence, notamment dans des salles de réanimation.
EOLIA propose aux établissements de santé des kits de prélèvement d’Aspergillus afin d’appliquer la technique PCR et bénéficie ainsi d’un résultat de recherche en 6h.
🔹 Détail du protocole mis en œuvre
La démarche de prélèvement proposée par EOLIA s’appuie sur la norme EN 17141⁵ indiquant la possibilité d’utiliser en complément des « méthodes alternatives qui peuvent améliorer la compréhension des conditions de maitrise de l’environnement propre maitriser ou fournir d’autres avantages pour certaines applications ».
L’acheminement des prélèvements au laboratoire partenaire s’effectue le jour même, au plus tard 24h après en prenant les précautions d’isothermie nécessaires.
🔹 Déroulé des opérations, du prélèvement à l’analyse, pour n=10 échantillons
- Au sein du laboratoire C4Diagnostics, les échantillons suivent le principe de « marche en avant », de la pièce de réception jusqu’à la pièce d’analyse, un processus habituel des activités de biologie médicale en zones confinées.
- Dès leur prélèvement, les échantillons d’air ou de surfaces sont traités dans un milieu conservateur, protégés par un triple emballage et une boite de transport biologique, puis acheminés en respectant des températures et condition de conservation optimales.
- L’ensemble du processus, de la réception des échantillons au rendu des résultats, se fait en 6 heures maximum (cf. figure 1).
- A réception des échantillons chez C4Diagnostics, la première étape est le contrôle de leur intégrité et de leur conformité. Ces données sont saisies informatiquement pour assurer une traçabilité. Durée : 60 minutes.
- Les échantillons sont ensuite transférés dans la pièce d’extraction pour y être déconditionnés, prétraités, puis extraits. L’extraction d’ADN d’Aspergillus se fait grâce à un kit d’extraction spécifique pour bactéries, levures et champignons. Durée : 30 minutes (déconditionnement et prétraitement) + 40 minutes (extraction).
- Pendant la phase d’extraction qui requiert 36 minutes d’incubation, la plaque multi-puits qui permettra l’amplification simultanément du lot de n=10 échantillons est préparée.
- Cette étape de préparation de la plaque d’amplification est réalisée dans une pièce de biologie moléculaire dédiée, où aucun échantillon n’entre, afin d’éviter les contaminations croisées. Le kit d’amplification comprend trois gènes cibles pour une haute spécificité du résultat PCR : un gène spécifique d’Aspergillus terreus, un gène commun aux 12 autres espèces d’Aspergillus (Aspergillus spp.), et un gène de contrôle interne. Durée : 30 minutes.
- Les extraits d’ADN et la plaque d’amplification sont transférés dans la pièce d’amplification. Sous la hotte PCR, les extraits sont distribués dans la plaque d’amplification, puis l’ADN est amplifié dans un thermocycleur. Durée : 20 minutes (préparation) + 100 minutes (amplification)
- La dernière étape est l’analyse et l’interprétation des résultats. Les courbes de RT-PCR sont analysées qualitativement et quantitativement grâce à un logiciel pour conclure sur la présence d’Aspergillus pour chaque échantillon testé. Un rapport est finalement rédigé et validé par le laboratoire C4Diagnostics. Durée : 60 minutes.
Sources
[1] Pour les infections relatives au site opératoire, elles seront considérées comme nosocomiales en cas d’apparition dans les 30 jours suivant l’opération. Ce délai peut même être porté à un an lors de la pose d’une prothèse ou d’un implant.
[2] Extrait du Site de l’Institut Pasteur, https://www.pasteur.fr/fr/centre-medical/fiches-maladies/aspergillose
Dernière mise à jour le 15 juillet 2021
[3] Article, « Un champignon meurtrier inquiète un hôpital marseillais », publié le 18/10/2010, le Figaro
[4] A Lyon, une étude de grande ampleur sur l’utilisation des antifongiques en réanimation, Le Monde. Le 10 août 2021
[5] Extrait de la norme EN 17141, Salles propres et environnements maîtrisés apparentés – Maîtrise de la biocontamination, publiée en août 2020.
